Oddział w Nowej Hucie swoją historią jest nierozerwanie związany z dzielnicą i kombinatem metalurgicznym od początku ich istnienia. Wraz z wielkimi przedsiębiorstwami, w roku 1949 na placach budów pojawili się pierwsi archeolodzy. Stwierdzili oni występowanie olbrzymich ilości materiału zabytkowego i wskazywali na konieczność stworzenia nowej stałej placówki nadzorującej powstające inwestycje. Postulaty archeologów zaakceptowało ówczesne ministerstwo kultury i w roku 1950 powołało „Kierownictwo Prac Wykopaliskowych w Nowej Hucie”. Po trzech latach istnienia placówkę połączono z Państwowym Muzeum Archeologicznym w Warszawie, by w roku 1955 ustanowić ją Oddziałem przy Muzeum Archeologicznym w Krakowie.