W małym miasteczku nad morzem mieszka pięcioletnia Sosuke, wysoko na klifie z widokiem na morze. Pewnego ranka, bawiąc się na kamienistej plaży pod swoim domem, odkrywa złotą rybkę, której nadaje imię Ponyo, z głową wetkniętą w słoik po dżemie. Sosuke ratuje Ponyo i trzyma ją w zielonym plastikowym wiadrze.

Zarówno Ponyo, jak i Sosuke są sobą zafascynowani i obiecują pozostać wiernymi przyjaciółmi, dopóki ojciec Ponyo, czarodziej mieszkający głęboko pod morzem, nie zmusi jej do powrotu z nim w głębiny oceanu.