Po gościnnych koncertach w wawelskiej sali Saskiej (i innych tymczasowych siedzibach, jak hala Sokoła przy dawnej ulicy Wolskiej, dziś Piłsudskiego, czy Pałac Spiski w Rynku Głównym) w XIX i na początku XX wieku Filharmonia znalazła swój dom w usytuowanym w pobliżu Wawelu obecnym budynku przy ulicy Zwierzynieckiej, ukończonym w 1931 roku z inicjatywy księcia kardynała Adama Stefana Sapiehy. Stało się to w 1945 roku, kiedy Filharmonia Krakowska (wówczas Państwowa Filharmonia w Krakowie) – jako pierwsza instytucja muzyczna w kraju – zainaugurowała swoją działalność po wojnie. Modernistyczną bryłę z neobarokowym wnętrzem zaprojektowano na wzór Maison du Peuple w Brukseli; fasadę wieńczą Trzy Korony – herb archidiecezji krakowskiej (budynek należy do Kurii Metropolitalnej w Krakowie; w pierwotnej koncepcji powstał on jako Dom Katolicki). Sala koncertowa – licząca około 700 miejsc – przeszła w 2020 roku generalny remont. Oprócz niej na kolejnych piętrach budynku znajdują się sale kameralne: Złota (I piętro) i Błękitna (II piętro).

W grudniu 1991 roku w gmachu Filharmonii wybuchł ogromny pożar, który doszczętnie zniszczył większość pomieszczeń, w tym salę koncertową i mieszczące się w niej organy firmy Alexandra Schukego z Poczdamu (krakowianie do dziś wspominają przerażający jęk, jaki wydawały topniejące pod wpływem gorąca piszczałki). Ich miejsce zajął ogromny 50-głosowy instrument z elektryczną trakturą rejestrów autorstwa renomowanej firmy Johannesa Klaisa z Bonn – duma melomanów i serce muzyki organowej starego Krakowa. 

Obok cotygodniowych koncertów symfonicznych Filharmonia Krakowska organizuje także recitale mistrzowskie i koncerty edukacyjne dla dzieci i młodzieży, zaś latem spotkania z muzyką przybierają formę kameralnych koncertów o nieco lżejszym charakterze. Specjalnością jej repertuaru stały się oratoria, których prezentacje umożliwia rozbudowany aparat wykonawczy: orkiestra, chór mieszany i chór chłopięcy. Filharmonia Krakowska zasłużyła się także, propagując w Polsce i na świecie dzieła Karola Szymanowskiego.

Sala filharmoniczna jest też miejscem wielu koncertów gościnnych (m.in. podczas dużych festiwali).